Bitlis ilinin Mutki ilçesine bağlı Kavakbaşı beldesinde yapımı devam eden okul binasının tamamlanması ile 1987 yılında Kavakbaşı Ortaokulu açılarak eğitim öğretime başlanmıştır. Okulumuz adını bağlı bulunduğu beldenin adından almıştır. Okulumuz kurucu müdürü İsmail EREN'dir. Eğitim-öğretimin başladığı yıl okulumuzda; 208 ilkokul öğrencisi, 79 ortaokul öğrencisi bulunmakta, 15 öğretmen ise görev almaktadır.
Çevre okullaşma sorunu sebebiyle okulumuz 1998 yılında taşımalı eğitime başlamıştır. Taşımalı eğitim hizmeti sayesinde Çığır, Sarıçiçek, Yenidoğan, Ulaş, Arpalıseki ve Ozanlı köylerindeki öğrenciler eğitim-öğretim faaliyetlerinden yaralanmıştır.
2002 yılında yapım çalışmaları tamamlanan pansiyon binası 1 Nisan 2003 tarihinde kullanıma açılmıştır. Bununla birlikte taşımalı eğitime son verilerek okulumuzun adı Kavakbaşı Pansiyonlu İlköğretim Okulu (PİO) olarak değiştirilmiştir. Pansiyonun açılması ile beldemize uzak olan Alıcık, Yüksekova, Akçaağaç, Kayabaşı, Serince ve Çimenli köylerindeki öğrenciler de eğitim-öğretim faaliyetlerine katılmıştır. Böylelikle okulumuz gündüzlü ve yatılı hizmet veren bir eğitim-öğretim kurumuna dönüşmüştür.
Eğitimde süreklilik ilkesi çerçevesinde 1987'den günümüze de okulumuzda mezun olan öğrencilerimizin mesleklerini edindikleri ve öğrenimlerini üst kademelerde de sürdürdükleri bilinmektedir.
2006-2007 eğitim-öğretim yılında PİO'ların YBO'lara dönüştürülmesiyle okulumuzun adı Kavakbaşı Yatılı İlköğretim Okulu olmuş, son olarak da 2012 yılında eğitim sisteminin yenilenmesi ile okulumuzun adı Kavakbaşı Yatılı Bölge Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.